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到了19世纪60年代晚期，人们有了一系列新的发现，从恐而为恐龙与其他动物亲缘关系的争论增添了大量新的证据。最早的保存完好的鸟类化石（叫做始祖鸟，意为“远古的翅膀”）探发现于德国。（仿真恐龙出租）它最终被伦敦自然历史博物馆从私人收秘藏家手里买下，理查德·欧文于1863年对其进行了描述。这件标本的奇特之处在于，它具有保存完好的羽毛印痕，这是所有鸟类最重要的鉴定特征，这些羽毛在基岩中像光环一样围绕 着骨架；然而，令人相当费解的是，它有着不同于任何现生鸟类、却与现代爬行动物相似的特点，即它的每只手上有3根很长的手指，末端有锋利的爪子，上下颌长有牙齿，还有一条很 长的骨质尾巴（某些现生鸟类或许看起来长有长尾，但这其实只是它们附着在很短的尾巴残迹上的长羽毛的外形轮廓）。

发现始祖鸟之后不久，在德国的同一个采石场中又出土了另一件小的、保存完好的骨架。它没有羽毛印痕，前肢非常短，无论如何都无法作为翅膀使用；从解剖学上看，它显然是一只小型的食肉恐龙，被命名为美颌龙（“漂亮的颌骨”）。

从科学的角度来说，这两个发现出现在一个特别敏感的时恐期。1859年，仅仅在发现第一件始袓鸟骨架之前大约一年，查·尔斯·达尔文发表了题为《物种起源》的著作。这本书非常详细地论述了支持早先的生物演变论者和进化论者观点的证据。最重要的是，达尔文提出了一个这种演变有可能 发生的机制一一自然选择，以及新的物种如何在地球上出现。这本书在当时引起了轰动，因为它向几乎被普遍接受的《圣经》教义的权威发起了直接挑战，提出上帝并没有直接创造世界上 已知的所有物种。达尔文的观点遭到了诸如理查德·欧文等虔诚的杈威人士的强烈反对。相反，激进的知识分子对达尔文观 点的反应则非常积极。据称托马斯丨赫胥黎在读了达尔文的著 作以后叹道，“我以前怎么没有想到这些，真是愚蠢啊！”